一般納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品用于生產(chǎn)經(jīng)營，是可以抵扣進項稅額的！比如超市用于銷售而采購的水果、酒樓用于餐飲服務(wù)而購買的蔬菜、建筑公司用于美化環(huán)境而購進的花卉樹木等等，企業(yè)只要取得購買這些農(nóng)產(chǎn)品的合規(guī)票據(jù)，都是可以進行抵扣的。但是，納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品進項抵扣時，不同的扣除憑證可能存在不同的抵扣方式，符合條件的，還可以同時適用加計抵減政策。
1.目前，農(nóng)產(chǎn)品增值稅適用稅率為9%（一般納稅人）需要注意的是：像以糧食為原料加工的速凍食品、方便面、玉米蛋白粉等，以及熟制的水產(chǎn)品和各類水產(chǎn)品罐頭，精制茶、水果罐頭、中成藥、酸奶等不屬于“農(nóng)產(chǎn)品”范圍。
2.農(nóng)產(chǎn)品免稅的情況
(1)銷售自產(chǎn)初級農(nóng)產(chǎn)品；
(2)農(nóng)民專業(yè)合作社銷售本社成員生產(chǎn)的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品；
(3)采取“公司+農(nóng)戶”經(jīng)營模式銷售畜禽；
(4)制種企業(yè)在特定生產(chǎn)經(jīng)營模式下，生產(chǎn)銷售種子；
(5)從事蔬菜批發(fā)、零售的納稅人銷售的蔬菜；目前，對于農(nóng)產(chǎn)品進項稅額扣除方式主要有兩種：1.憑票抵扣
(1)一般納稅人開具的增值稅專用發(fā)票；
(2)海關(guān)進口增值稅專用繳款書；
(3)從按照3%征收率繳納增值稅的小規(guī)模納稅人處取得的增值稅專用發(fā)票；
(4)農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票。
另外，所謂農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票，就是指農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品適用免征增值稅政策而開具的普通發(fā)票，不包括批發(fā)零售環(huán)節(jié)納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品開具的免稅發(fā)票和小規(guī)模納稅人開具的增值稅普通發(fā)票。
2.核定扣除
農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額核定扣除，是指為加強農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額抵扣管理，試點納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是采用一定的進項稅額核定方法進行抵扣。大部分地區(qū)采用投入產(chǎn)出法核定農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額。
不同農(nóng)產(chǎn)品發(fā)票
不同的農(nóng)產(chǎn)品發(fā)票，其進項稅額也是不同的，常見的情況有這四種：(1)在購入當(dāng)期，應(yīng)遵從農(nóng)產(chǎn)品抵扣的一般規(guī)定，按照9%計算抵扣進項稅額。
(2)用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。注意：農(nóng)產(chǎn)品加計扣除建議分兩步走，在購入當(dāng)期，應(yīng)遵從農(nóng)產(chǎn)品抵扣的一般規(guī)定，按照9%計算抵扣進項稅額；未來考慮用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，生產(chǎn)領(lǐng)用時加計1%扣除。
二、從小規(guī)模納稅人處購進取得增值稅專用發(fā)票(1)用于初加工，以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
(2)用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。前文講到了小規(guī)模納稅人3%減按1%政策，那么新政策下，從小規(guī)模納稅人處取得的1%稅率的農(nóng)產(chǎn)品進項發(fā)票，能否按照9%計算抵扣進項稅額呢？具體可以看下上篇→《稅局明確！3%的專票可以按9%抵扣！但1%的專票不行！》簡單來說：一般納稅人取得小規(guī)模銷售方開具的1%的專票到底可以抵扣9%的進項稅！
增值稅一般納稅人取得僅注明一個繳款單位信息的海關(guān)繳款書，應(yīng)當(dāng)?shù)卿洷臼?區(qū)、市)增值稅發(fā)票選擇確認平臺(以下簡稱“選擇確認平臺”)查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關(guān)繳款書信息。通過選擇確認平臺查詢到的海關(guān)繳款書信息與實際情況不一致或未查詢到對應(yīng)信息的，應(yīng)當(dāng)上傳海關(guān)繳款書信息，經(jīng)系統(tǒng)稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關(guān)繳款書信息。
增值稅一般納稅人取得注明兩個繳款單位信息的海關(guān)繳款書，應(yīng)當(dāng)上傳海關(guān)繳款書信息，經(jīng)系統(tǒng)稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關(guān)繳款書信息。
四、取得農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票1.購進農(nóng)產(chǎn)品，取得（開具）農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票的，以農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
2.購進用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。3.納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品既用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產(chǎn)銷售其他貨物服務(wù)的，應(yīng)當(dāng)分別核算用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物和其他貨物服務(wù)的農(nóng)產(chǎn)品進項稅額。未分別核算的，統(tǒng)一以農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
一、購進農(nóng)產(chǎn)品沒有索取增值稅專用發(fā)票，沒有扣稅憑證，導(dǎo)致無法抵扣進項稅額。二、購進農(nóng)產(chǎn)品取得稅務(wù)機關(guān)代開的增值稅專用發(fā)票，在進行增值稅納稅申報時按發(fā)票上注明的稅額（3%征收率對應(yīng)的增值稅額）填列附列資料（二）第1欄和第2欄，導(dǎo)致少抵扣進項稅額。三、從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)小規(guī)模納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品取得普通發(fā)票抵扣了進項稅額。(一)從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)納稅人處購進免稅蔬菜；(二)從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)納稅人處購進免稅鮮活肉蛋產(chǎn)品。四、向農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者購買農(nóng)產(chǎn)品與從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購買農(nóng)產(chǎn)品未分開核算。建議取得農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者開具的普通發(fā)票，在備注欄內(nèi)或具體農(nóng)產(chǎn)品名稱后注明“農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)”，以免難以區(qū)分。五、2019年4月1日以前收購的農(nóng)產(chǎn)品，4月1日以后用于生產(chǎn)或委托加工13%稅率的貨物，錯誤地按照2%加計扣除。對于4月1日以后領(lǐng)用農(nóng)產(chǎn)品用于生產(chǎn)或委托加工13%稅率的貨物，不論4月1日以前收購還是4月1日之后收購，應(yīng)統(tǒng)一按照1%加計扣除。六、購進農(nóng)產(chǎn)品既用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產(chǎn)銷售其他貨物或服務(wù)的，未分別核算用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13% 稅率貨物和其他貨物或服務(wù)的農(nóng)產(chǎn)品進項稅額。未分別核算的，企業(yè)必須統(tǒng)一以增值稅專用發(fā)票或海關(guān)進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額，或以農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9% 的扣除率計算進項稅額。七、核定扣除未按規(guī)定計算可抵扣進項稅額。存在農(nóng)產(chǎn)品平均購買單價計算錯誤、扣除率使用錯誤等，或者將取得專用發(fā)票的農(nóng)產(chǎn)品抵扣進項后又進行核定扣除，造成重復(fù)抵扣等風(fēng)險。八、未按規(guī)定開具農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。(一)從非農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者處購買的農(nóng)產(chǎn)品開具了農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票，存在不予抵扣進項稅額的風(fēng)險。(二)開具的農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票品名超出了52號文注釋所列舉的農(nóng)產(chǎn)品范圍，比如將洗凈毛、洗凈絨、中成藥、方便面、熟制的水產(chǎn)品、肉類熟制品、肉桂油等開具了農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。(三)發(fā)生了交易，但人為操縱農(nóng)產(chǎn)品收購數(shù)量或價格，造成不繳或少繳稅款，存在行政處罰甚至被認定為虛開發(fā)票的風(fēng)險。(四)未發(fā)生交易，虛開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。對于虛開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票的，存在進行行政處罰，依法追究刑事責(zé)任的風(fēng)險。
